Tahun baru 2013 adalah momentum yang sangat penting bagi MAN Yogyakarta 1. Bertepatan dengan perayaan Hari Amal Bhakti Kementerian Agama RI ke-67 dan menyongsong ulang tahun MAN Yogyakarta 1 ke-62, dikeluarkanlah keputusan Kepala Kanwil Kemenag DIY bahwa MAN Yogyakarta 1 ditetapkan sebagai Rintisan Madrasah Unggul.
Kepala MAN Yogyakarta 1, Drs. H. Imam Suja'i Fadly, M.Pd.I menerima Surat Keputusan yang bernomor 6098 tersebut pada 27 Desember 2012 di Aula Kanwil Kemenag DIY. Dalam Surat Keputusan tersebut disebutkan pentingnya pengembangan madrasah yang secara terencana, bertahap dan berkesinambungan untuk mewujudkan terciptanya madrasah yang unggul yakni madrasah yang dharapkan menjadi pilot project madrasah lain di lingkungannya.
Segenap sivitas akademika MAN Yogyakarta 1 menerima tantangan ini dengan kerja keras tanpa henti. Dengan pendampingan konsultan pendidikan yang dipilih oleh Kanwil Kemenag DIY, MAN Yogyakarta 1 mulai menyusun langkah kerja yang lebih dinamis dan selektif guna mewujudkan madrasah unggul yakni madrasah yang menjadi idaman masyarakat dan menjadi kebanggaan umat Islam.
